Идея создания коллекционного фонда  «САМОЦВЕТЫ» с целью расширения российской сырьевой базы цветных камней, создания демонстрационной коллекции цветных камней и изделий из них принадлежит известному ученому геологу академику А.В. Сидоренко. Реализация этого проекта была возложена на Всесоюзное геологическое объединение «Союзкварцсамоцветы», которое возглавлял А.П. Туринге. В 1973г. для проведения комплексного геологического изучения, широкого использования отечественных камнесамоцветных богатств, создания коллекционного фонда минералов, организации экспорта цветных камней и изделий из них был создан салон «Цветные камни», который возглавил талантливый организатор А.И. Куварзин.

Активное участие в комплектовании фонда, положившего начало  музейной экспозиции, приняли многие геологические объединения и экспедиции, которые  передавали в салон «Цветные камни» уникальные образцы минералов с многочисленных месторождений полезных ископаемых Советского Союза. Свои коллекции передавали многие геологи, среди которых были известные ученые – академики В.И. Смирнов и В.А. Ярмолюк, Министр геологии СССР Е.А. Козловский, Первый заместитель Министра Б.П. Зубарев, Министры природных ресурсов РФ В.П. Орлов В.П.  и Б.А.Яцкевич Б.А.

В 1978 г. на базе салона создается Московская специализированная геологоразведочная экспедиция «Экспортсамоцветы». С этого периода геологи экспедиции начинают проводить планомерные поисковые работы на коллекционное и камнесамоцветное сырье практически по всей территории СССР. За период 1978-1984 гг. экспедиция «Экспортсамоцветы» провела поисково-оценочные работы на Кавказе, Чукотке,  Урале, в Забайкалье, Приморском крае, Туве, Якутии, Казахстане и в ряде других регионов. Наиболее представительная коллекция была собрана на  месторождениях Дальнего Востока, Чукотки, Казахстана, Кавказа, Средней Азии. В результате  значительная часть минералогической экспозиции (около 70%) была собрана в те годы сотрудниками экспедиции «Экспортсамоцветы», возглавляемой А.И. Куварзиным, главным инженером А.А. Юсиповым, главным геологом Чупровым В.И. и талантливыми геологами: В.И. Чупровым, И.И. Фрадкиным, В.С. Чернавцевым, Е.Е Драмшевой, Л.Э. Шурпе, Ю.Л. Татариновым, Б.А. Точилиным, В.А.Нифантовым и др.

В  1994г.  салон  «Цветные  камни» был переименован в  Государственную  организацию  культуры  -  Музей цветного  камня  и самоцветов «Самоцветы». Директором музея был назначен А.А. Юсипов. В 2000г., приказом  МПР музей   преобразован  в Федеральное  государственное учреждение  «Музей Самоцветы».

Следует  отметить, что «Музей  Самоцветы» долгое время оставался ведомственным закрытым для широкой публики, публичная деятельность музея (экскурсии, свободный  вход всех желающих) ведется  лишь с 1999г. после проведенной реконструкции и необходимого оформления экспозиции для посетителей .