Музей «Самоцветы» является одним из самых ярких в России, так как главное направление его экспозиции заключается в демонстрации красоты природного камня, как в необработанных минералогических образцах - шедеврах природы, так и в изделиях из различных цветных камней. В музее «Самоцветы» выставлены практически все разновидности российского камнесамоцветного минерального сырья, так как силу исторически сложившейся специфики он является единственным в России музеем, первоначальной концепцией которого являлся сбор, изучение и демонстрация камнесамоцветного материала с месторождений СССР, а в дальнейшем Российской Федерации. Кроме ювелирных и ювелирно-поделочных камней в музее демонстрируются образцы коллекционных минералов, декоративно-облицовочных камней, палеонтологические образцы, художественные камнерезные изделия.

В настоящее время музейный фонд насчитывает более 14 тысяч музейных предметов примерно с 500 месторождений и проявлений России и бывших республик СССР. Многие образцы из коллекции музея в настоящее время можно увидеть в открытой экспозиции, демонстрируемой в Федеральном Агентстве по недропользованию. Некоторые из представленных образцов являются уникальными и по сей день являющиеся лучшими в мире.

Наряду с экспозиционной работой в музее ведется просветительская и учебная работа в форме увлекательных тематических экскурсий адаптированных для всех групп населения, проводятся лекции для школьников и студентов геологических и горных высших учебных заведений.